Program Studi S2 Magister Farmasi Universitas Surabaya dibuka sesuai dengan surat nomor 649/DT/2005 tanggal 3 Maret 2005 mengenai ijin penyelenggaraannya dari Departemen Pendidikan Nasional Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Orientasi pendidikan Program Studi S2 Farmasi berfokus pada Konsep pelayanan pendidikan kefarmasian bagi masyarakat bisnis Industri dan pelayanan kefarmasian. Program Studi S2 Farmasi Ubaya mempunyai 2 (dua) minat/konsentrasi yaitu Farmasi Klinis- Komunitas dan Farmasi Sain-Industri Kefarmasian serta telah Terakreditasi Unggul sesuai nomor 0452/LAM-PTKes/Akr/Mag/VI/2022 tanggal 24 Juni 2022 LAM-PTKes . Konsentrasi Farmasi Klinis dibekali pengalaman praktek farmasi klinis dengan menerapkan pengetahuan terapeutik, pemilihan obat berdasar kondisi penyakit yang beragam, analisis terapeutik dengan monitoring sehingga bersama-sama tenaga Kesehatan lain dapat mengoptimalkan outcome terapi. Farmasi-Konsentrasi, Sain-Industri Kefarmasian dibekali pengalaman praktek dan Ilmu Pengetahuan / pengembangan new chemical entities (NCE), pengembangan produksi, bentuk sediaan, pengembangan analisis dalam Quality Control, regulasi sediaan kefarmasian dan perancangan Industri kefarmasian.
